Ali Güneş, Almanya’da yaşayan ailesinin maddi durumunun çok iyi olmaması nedeniyle futbola gizli gizli başladı. Öncelikle Almanya’da küçük bir takıma yazıldı. Takımla antrenman yapabilmek için senelik aidat yatırması gerekiyordu. Ali Güneş’in tüm masraflarını antrenörü karşıladı. Bir süre sonra gerçekleri ailesine söyledi ve en büyük desteği onlardan gördü. Almanya’nın Birinci Lig takımının alt yapısından yükseldi. 11 yaşındayken PAF Takım’da oynarken, A Takım kadrosunun eksik olması sayesinde A Takım’la maça çıkma şansını yakaladı. Bu şansını çok iyi kullanan Ali Güneş, attığı gollerle hocasının gözüne girdi. Bu şekilde direk A Takım’la oynamaya başlayan Ali Güneş Almanya'nın Freiburg takımda yıldızlaştı. 2000-2004 yılları arasında Fenerbahçe forması giyen Ali Güneş’in, 2004-2005 sezonu öncesinde Kulübümüz’le 1 yılı opsiyonlu 3 yıllık anlaşması bulunuyor.